Harvard chào đời và lớn lên ở Southwark, Anh Quốc, là con thứ tư trong gia đình có chín người con của Robert Harvard (1562 – 1625), một người hàng thịt và chủ quán rượu, với vợ là Katherin Rogers (1584 – 1635). Harvard chịu lễ báp têm tại nhà thờ St Saviour’s (nay là Đại Giáo đường Southwark),[4] sau đến học tại Trường St Saviour’s.

Sau một trận dịch trong năm 1625, cả gia đình chỉ còn lại John, anh của cậu Thomas, và mẹ cậu. Katherine mất năm 1635, hai năm sau Thomas cũng qua đời.

Nhờ tài sản của chồng để lại, Katherine gởi con trai đến Emmanuel College thuộc Đại học Cambridge,[5] tại đây Harvard lấy bằng Cử nhân năm 1632, rồi Thạc sĩ năm 1635,[6] sau đó được phong chức mục sư.[5] Năm 1636 ông kết hôn với Ann Sadler (1614 – 1655).

Năm 1637, Harvard và vợ di cư đến vùng New England, rồi định cư ở Charlestown. Ông trở thành phụ tá cho quản nhiệm nhà thờ của thị trấn. Harvard qua đời ngày 14 tháng 9 năm 1638, ông được an táng tại Charlestown.